程序化交易与市场价格波动没有必然的联系，同样，也没有证据显示指数套利加剧了市场价格的波动。
很多人认为，程序化交易加剧了市场价格波动。由于机构投资者是程序化交易的主要主体，因此，认为程序化交易更多地损害了中小投资者的利益。对于这种观点，诸多的经济、金融专家和学者都进行了大量的理论和实证研究，如NASDAQ执行副总裁DeanFurbush（1987、1990和1993）、CarolynD.DavisandAliceP.White（1987）、JohnJ.Merrick，Jr.（1987）、FranklinR.Edwards（1988）、StanfordJ.Grossman（1988）、JoanneM.Hill（1988）、LawrenceHarris（1989）、Brennan，MichaelandEduardoSchwartz（1990）、AnneFre-mault（1991）、LawrenceHarris，GeorgeSofianosandJimShapiro（1992）、MertonMiller，JayaramMuthuswamyandRobertWhaley（1992）、RobertNeal（1993），以及印第安那州Ball州立大学教授GaryJ.San-toni（2002）的研究等，结果表明：程序化交易与市场价格波动没有必然的联系，同样，也没有证据显示指数套利加剧了市场价格的波动。
没有证据显示，自股票指数期货诞生以后的股价波动加剧了。坚持上述观点的专家和学者还进一步认为，NYSE针对程序化交易而采用的Rule80A并没有起到降低股价波动的作用，相反，Rule80A以及NYSE所使用的DOT交易系统（NYSEDesignatedOrderTurnaroundSystem）反倒使以日计算的股价变动比率上升了。此外，从美国SEC对1997年10月27－28日美国股市经历的大震荡的调查资料来看，程序化交易，包括指数套利、动态对冲以及指数期货等在这两日内的交易行为均属正常，没有对市场震荡和价格的巨幅下挫产生负面影响。
与上述观点相反，也有很多人认为，程序化交易，特别是指数套利加剧了股价的波动，尤其是在下跌市中起到了助跌的作用。但这不是程序化交易的主观过错，而是程序化交易机制与其他因素相互作用的结果。主要理由有以下几个：
（1）股票指数期货价格比现货价格更能够迅速地反映市场信息，一般领先于现货价格15－30分钟。而现货价格对市场信息的反映则是通过程序化交易来传递的。这是因为，只有当现货指数中所有的股票都有交易机会时，现货指数才有可能完全地反映市场信息。单只股票交易时间上的不一致或延迟，会导致整个现货指数反映市场信息的延迟。由于指数期货具有保证金杠杆效应和低成本的优势，以及判断整个市场价值的信息比判断个别股票价值的信息更容易，这就使得期货价格对市场信息的反映要比股票现货来得快。因此，交易者会首先驻足于期货市场而不是现货市场，从而期货市场的流动性要比现货市场的流动性强。
（2）期货价格与现货价格在反映信息速度上的差异，以及市场流动性不同，表现为期货价格的波动性比现货价格的波动性大，从而也导致二者在价格上的差异。当二者之间的价差扩大到一定程度，并足以能够抵补套利交易的成本时，程序化交易者就开始进行套利交易，追逐价差收益。套利交易的结果导致了二者的价格逐渐拉近并趋于一致，期货价格的信息价值以及由信息引发的波动性就传递给了现货指数，于是股票现货价格的波动性上升。当然，在没有股票期货的情况下，股票现货的价格也能够反映信息的价值，但期货的存在大大加快了这一过程。
（3）在程序化交易存在的情况下，还存在着其他的各种自动化或机械化交易方式，多种交易方式无意识地相互作用的结果，就有可能导致市场形成一致性的力量，并使市场的调整有可能走向同一方向的极端，即有可能助涨或者助跌，类似于加剧了美国1987年股灾的严重程度，使整个市场陷入恐慌。但这是多种因素综合作用的结果，单纯地看和长期地看，程序化交易对股价的波动性没有特别的影响。
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